Ab 1220 ließ Nikolaus von Werle an der Stelle einer alten slawischen Fischersiedlung die Stadt Malekin, das heutige Malchin, anlegen, um von hier aus die Besiedlung der Region an der Peene voranzutreiben. Die St. Johanniskirche in Malchin ist ein typischer Bau der Norddeutschen Backsteingotik.
Ab 1220 ließ Nikolaus von Werle an der Stelle einer alten slawischen Fischersiedlung die Stadt Malekin, das heutige Malchin, anlegen, um von hier aus die Besiedlung der Region an der Peene voranzutreiben. Recht bald dürfte auch mit dem Bau der ersten Stadtkirche begonnen worden sein. Sie ist für 1247 belegt, fiel jedoch dem großen Stadtbrand 1397 zum Opfer und wurde durch die heutige Johanniskirche ersetzt. Reste des ersten Baus mit spätromanischen Formen sind noch in der östlichen Längswand der Marienkapelle und an der südlichen Seitenschiffswand zu finden. Vielleicht stammen auch die Füße zweier romanischer Taufen und die erhaltene Triumphkreuzgruppe aus dem 14. Jahrhundert – die ältesten Stücke der Kirche – aus dem Vorgängerbau. Nachweise dafür, dass sie einst vor den Flammen gerettet wurden, gibt es keine, auszuschließen ist dies aber nicht.
1549 wurden bei einer Visitation der Johanniskirche 30 Altäre gezählt, von denen nur noch der ehemalige Hauptaltar existiert. Es handelt sich um eine Arbeit vom Anfang des 15. Jahrhunderts, deren geschnitzter Mittelteil die Marienkrönung unter großen Baldachinen zeigt. Die Tafelmalereien der Flügel stellen Heilige sowie Szenen aus dem Leben Christi und dem des Evangelisten Johannis dar. In welcher Werkstatt der Altar entstand und wer die Tafelbilder angefertigt hat, ist unbekannt. Kunsthistoriker ziehen Parallelen zum Umfeld / Nachfolger des Meisters Francke in Hamburg. Seit 1998 steht der Altar in der Marienkapelle, nachdem er um 1820 / 30 einem zeitgenössischen Altaraufbau weichen musste und zunächst einen Platz im südlichen Seitenschiff erhalten hatte. Auch die Kanzel von 1571 wurde 1881 durch eine neugotische Nachfolgerin ersetzt, die im südlichen Seitenschiff hängt. 1780 erhielt die Malchiner Kirche eine Orgel aus der Werkstatt des Rostocker Orgelbauers Paul Schmidt. Auch die Empore stammt aus dieser Zeit, und der Prospekt gilt als einer der schönsten barocken Prospekte in Mecklenburg-Vorpommern. Die Orgel selbst wurde
1877 durch eine Friese-III-Orgel ersetzt. Sie ist eine von insgesamt acht großen Friese-III-Orgeln im Land und blieb als einzige fast vollständig original erhalten. Eine Restaurierung mit Hilfe von Stiftungsgeldern erfolgte 2003 / 04. Als weitere Orgel befindet sich in der Marienkapelle eine Lütkemüller-Orgel von 1850, die im Jahr 2000 ebenfalls durch Stiftungsgelder restauriert werden konnte. Beide Instrumente sind regelmäßig in Gebrauch.
Die Kirche konnte vier historische Glocken durch die Wirren der Zeit retten: eine vom Anfang des 15. Jahrhunderts aus der Werkstatt des Rickert von Mönkehagen, eine von 1481, eine undatierte, ebenfalls mittelalterliche und eine von 1824 aus einer Stettiner Werkstatt. Alle vier erklingen noch.
