St. Nikolai ist die größte der vier Kirchen Wismars, die den Krieg weitgehend unbeschadet überstanden hat.
Der erste Bau bestand 1270. Doch ab 1380 wurde die Nikolaikirche nach dem Vorbild der seit 1339 im Umbau befindlichen St.Marienkirche umgebaut. Der Chor wurde 1415 vollendet. Das Langhaus mit einer Höhe von 37 Metern wurde zwischen 1435 und 1459 vollendet. Es ist damit das vierthöchste Kirchenschiff Deutschlands. Der monumentale Backsteinbau ist eine querschifflose Basilika mit polygonalem Chorschluss mit Kapellenumgang und quadratischem Westturm. Von Norden und Süden erweitern querschiffartige Seitenhallen den Kirchenraum. Bemerkenswert ist der Giebel der südlichen Seitenhalle, der durch reichen, teils sogar figürlichen Ziegeldekor ausgezeichnet ist. 1487 war der Turm mit einer Höhe von 60 Metern fertig. 20 Jahre später wurde ihm ein Turmhelm mit einer Höhe von ebenfalls 60 Metern aufgesetzt und somit war St. Nikolai mit einer Turmhöhe von 120 Metern über 200 Jahre ein wichtiges Zeichen für die Seefahrt.
1703 jedoch, stürzte der Tumhelm durch einen Orkan in das Mittelschiff und zerstörte das Mittelschiffgewölbe und große Teile des Inventars. Der recht kleine aber feine Schifferaltar ist der einzige von 38 Altären, der der Nikolaikirche erhalten blieb. Erst 1867 war das Mittelschiffgewölbe saniert und wieder hergestellt.
Betritt man St Nikolai sieht man auf großflächige Wandmalereien. Sie stammen aus dem 15 Jahrhundert, wurden aber 1880 stark erneuert. Am bekanntesten sind wohl Darstellungen der „Wurzel Jesse“, ein Stammbaum Christi, und die des Heiligen Christophers.
Ähnlich wie die Heiligen-Geist-Kirche bewahrt auch die Nikolaikirche Kunstgut aus den im Krieg schwer beschädigten Kirchen St. Marien und St. Georgen. So den Hauptaltar von St Georgen, ein Hauptwerk spätgotischer Flügelaltäre im Ostseebereich, den Thomasaltar, der Thomas von Aquin zum Thema hat, sowie das große Triumphkreuz. Aus St. Marien stammt der Krämeraltar sowie die bedeutende Bronzefünte, ein Taufbecken aus dem Jahr 1335 mit dem jüngeren „Teufelsgitter“. Der Schmied dieses Gitters soll dem Teufel seine Seele verschrieben haben, um dies Kunstwerk zu schaffen. Es dient dazu, böse Mächte von dem Taufbecken abzuhalten. Insgesamt befinden sich drei Taufbecken in St. Nikolai. Neben dem genannten gotischen Becken gibt es noch ein romanisches Becken und schließlich ein Taufengel. Aus dem ehemaligen Dominkanerkloster, das in Anschluss an das Heiligen Geist Hospital die Aufgabe des Hospitals übernahm - heute beherbergt es die Goetheschule - stammt ein Schrein der Tausend Märtyrer, Ein Teilrelief auf einer Holztafel.
Viele andere Schätze, auch aus moderner Zeit, beherbergt diese „Schatzkammer“. Es lohnt sich, sich Zeit mitzubringen, um sie zu entdecken.
