St. Marien ist das architektonische Vorbild von etwa 70 backsteingotischen Basiliken im Ostseeraum bis hinauf ins finnische Turku. Lübecker Fernhandelskaufleute hatten die großen Kathedralen in Nordfrankreich kennengelernt und ihren Stil der hoch aufstrebenden Gotik importiert. In Lübeck setzten sie ihn in Backsteinbauweise um.
Die Marienkirche trägt die Geschichte mehrerer Zeitalter in sich. Der Bau, der bis heute die Silhouette Lübecks prägt, steht für die mittelalterliche Religiosität, den Stolz des aufstrebenden Bürgertums und Lübecks Rolle als "Königin der Hanse". Deutliche Spuren haben auch die Reformation und die Barockzeit hinterlassen. Doch auch die Wunden von Krieg und Zerstörung gehören zu St. Marien.
Die Entstehung der Marienkirche ist eng mit der Entstehung der Stadt Lübeck verbunden. Schon um 1160, kurz nach der Gründung der Stadt an ihrem heutigen Ort, gab es eine Marktkirche. Sie war zunächst die alleinige Stadtpfarrkirche. Wie sie aussah, weiß heute niemand. Vermutlich war sie aus Holz.
1160 wurde Lübeck Bischofsstadt. Mit der Weihe des ersten Doms 1163 wurde die Marienkirche den Domherren unterstellt. Schon früh erkämpfte der Rat der Stadt sich Mitspracherechte. Die Marienkirche blieb die Kirche der führenden Bürger und des Rates, auch nach Gründung der übrigen Stadtpfarrgemeinden.
Zu Beginn des 13. Jahrhunderts war die Marienkirche eine romanische Basilika. Im Jahr 1251 begann der Umbau im Stil der gotischen Kathedrale. Zunächst war eine Hallenkirche geplant, dann jedoch realisierte man eine hochgotische Basilika mit enormen Ausmaßen. In 38,5 Metern Höhe überspannen die Gewölbe das eindrucksvolle Mittelschiff, die beiden Türme erreichen 125 Meter.
Vorbild waren die großen französischen Kathedralen, allen voran die von Reims und Soissons. Das bedeutete aber, dass die Lübecker Baumeister den gotischen Stil in gewisser Weise neu erfinden mussten. In der norddeutschen Ebene gab es keine nennenswerten Steinbrüche. Die mächtigen, hoch aufragenden Formen der Gotik mussten hier mit kleinen, aus Ton gebrannten Backsteinen verwirklicht werden.
Zu Beginn des 14. Jahrhunderts lagen Bürger und Bischof im dauernden Streit. Dass sich die Lübecker Bürger sich den Bau zutrauten, dass es ihnen schließlich gelang, aus Backstein eine Kirche zu bauen, deren Ausmaß den nahegelegenen Dom übertrumpfte: Das zeigt, wie selbstbewusst und wie reich diese Bürger im 13. und 14. Jahrhundert waren.
Im 17. und 18. Jahrhundert gestalteten die Bürger ihre Marienkirche, soweit der Bau es zuließ, nach den Idealen des Barock. Die Wände waren weiß getüncht, und an den Pfeilern der Kirchenschiffe hing eine Unzahl von prächtig gestalteten Epitaphien führender Bürger. Sie brachten der Marienkirche den leicht spöttischen Titel "Ruhmeshalle des Lübecker Patriziats" ein.
Die enge Verbindung zwischen Rat und Marienkirche begann sich im 18. Jahrhundert zu lockern. Im 19. Jahrhundert fiel ein Teil der barocken Ausstattung der neu erwachten Wertschätzung mittelalterlicher Kunst zum Opfer.
Bald nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten schaltete der Senat der Stadt die Lübecker Evangelisch-Lutherische Kirche gleich und entmachtete die Kirchenvorstände - auch den von St. Marien. 1934 wurde der Nationalsozialist Erwin Balzer zum Bischof ernannt. St. Marien war seine offizielle Predigtkirche. Der Marienpastor Johannes Pautke, der zur oppositionellen Bekennenden Kirche gehörte, wurde zwischen 1936 und 1937 vorübergehend seines Amtes enthoben, konnte aber nach heftigen Protesten zurückkehren.
Palmarum 1942
In der Nacht vom 28. zum 29. März 1942, dem Palmsonntag, griffen britische Bomber Lübeck an. Es war der erste Angriff auf eine deutsche Altstadt. Die Marienkirche wurde schwer beschädigt. Teile der Gewölbe von Mittel- und Seitenschiff stürzten ein, ebenso die Dächer der Türme.
Die Glocken des Süderturms stürzten herab und zerstörten die mittelalterlichen Fensterscheiben, die dort in Kisten verpackt gelagert waren. Die alten Orgeln verbrannten. Das mittelalterliche Inventar der Kirche wurde fast komplett zerstört.
Seit 1945
Bei dem Brand der Kirche war ein Großteil des Putzes von den Wänden abgeplatzt. Dabei kam überraschenderweise die ursprüngliche, mittelalterliche Ausmalung der Kirche zum Vorschein. Sie wurde noch während des Krieges auf Fotos dokumentiert. Nach dem Krieg wurde sie restauriert. Es gab dabei Konflikte zwischen Denkmalpflegern und Restauratoren. Die Denkmalpfleger ließen Ergänzungen der erhaltenen Originale nur in sehr engen Grenzen zu. Die Restauratoren nahmen sich erhebliche Freiheiten.
Einer von ihnen, Lothar Malskat, brachte es dabei zu zweifelhaftem Ruhm: Er malte frei erfundene Figuren auf die Wände des Chors. Malskat, der sich für einen genialen Fälscher und Künstler hielt, zeigte sich 1952 selbst an und wurde, zumal er seine Taten gekonnt übertrieb, zum Medienstar. Die Fälschungen im Chor wurden kurz darauf entfernt.
Der größte Teil des Wiederaufbaus war 1959 abgeschlossen, als die Turmhelme wiederhergestellt und mit Kupfer gedeckt waren. 1980 bekam St. Marien wieder einen Dachreiter.
