Die St. Marienkirche ist das älteste Bauwerk der Stadt Bergen und neben der Pfarrkirche Altenkirchen das älteste Bauwerk der Insel Rügen.
Um 1180 begann der Bau der Kirche, eine romanische Basilika mit Querschiff, unter dem rügischen Fürsten Jaromar I. Seine Pläne, die Kirche zur Pfalz auszubauen, musste Jaromar wegen der Ungunst seiner dänischen Lehnsherren aufgeben. Darum wurde die Kirche 1193 als Klosterkirche für Nonnen der Benediktiner geweiht. 1380 wurde sie zugleich Pfarrkirche.
Das Langschiff mit fünf Jochen und das Obergeschoss des Querbaus stammen aus gotischer Zeit (14. Jahrhundert).
Das älteste Ausstattungsstück ist ein romanischer Kelch von 1250 sowie das Taufbecken aus dem 14. Jahrhundert. Die Kronleuchter stammen aus der Zeit nach dem Dreißigjährigen Krieg. Aus dem Barock stammt der Altar (1730) und die Kanzel (1776). Unmittelbar vor dem Altar ist das Grab der Prinzessin Elisabeth von Pommern, einer Schwester Bogislaw X., die im 15. Jahrhundert Äbtissin des Klosters in Bergen war.
Der wertvolle Wandmalerei-Zyklus mit biblischen Motiven, im Chor und östlichen Querbau, entstammt der Romanik für eine Totalausmalung des Chores einer Kirche in Norddeutschland. Sie wurden 1896–1903 von August Oetken restauriert und ergänzt, was nach der Reformation übermalt worden war. Zur Zeit wird sie jedoch mit hohem technischen Aufwand rekonstruiert.
Die große Kirchenglocke ist aus dem Jahre 1445. Seit dem großen Stadtbrand von 1445 ertönt sie über Stadt und Land. Sie ist ca. 60 Ztr. schwer, und hat am Hals in gotischer Minuskelschrift die Inschrift: O, rex glorie, Christ, veni cum pace! deutsch: O Christus, König des Ruhmes, komm mit Frieden!
Um die Jahhundertwende des 20. Jh. wurde eine hölzerne Seitenempore entfernt, die hölzerne Orgelempore wurde durch eine aus Stein ersetzt.Die zweimanualige Orgel der Kirche wurde 1909 von Barbun Grüneberg gebaut Das Instrument hat 28 Register auf zwei Manualen und Pedal.
Als Kuriosum sei noch vermerkt: Das Zifferblatt der Kirchturmuhr auf der Westseite ist seit der Restaurierung im Jahr 1985 in 61 Minuten unterteilt. Ein Orkan hatte die Uhr beschädigt. Als die Arbeiter mit der Erneuerung fertig waren, klaffte eine Lücke in den Minutenanzeigen zwischen der 11 und der 12, also hat man einfach eine weitere Markierung angebracht. Damit ist St. Marien die wahrscheinlich einzige Kirche in Deutschland, auf deren Uhr 61 Minuten angezeigt werden.
Im Jahr 2004 wurde die Marienkirche in die „Europäische Rute der Backsteingotik“ aufgenommen. Im Februar 2005 wurde die Marienkirche in das Denkmalpflegeprogramm "National wertvolle Kulturdenkmäler" aufgenommen.
