Die Kirche St. Johannis ist seit 1945 die Hauptkirche der evangelischen Gemeinde in Neubrandenburg. Sie war ursprünglich die Klosterkirche der Franziskaner.
Zusammen mit dem Franziskanerkloster entstand um 1260 eine Feldsteinkirche. Bei zwei Bränden vor 1355 wurde diese stark beschädigt. Der Bau des heutigen zweischiffigen Kirchengebäudes begann im 14. Jahrhundert. Um 1455 erfolgte der Anbau eines hochgotischen Langchors mit drei Gewölbejochen und polygonalem Abschluss.Heute ist Die Johanniskirche ist eine zweischiffige, im Stil der Backsteingotik errichtete Hallenkirche. In der Nordwand befinden sich noch Teile des mit bearbeiteten Feldsteinen errichteten Vorgängerbaus. Das nördliche Seitenschiff ist deutlich schmaler als das Hauptschiff. Beide besitzen Kreuzrippengewölbe mit pflanzlichen Motiven in den Zwickeln.
Im Zuge der Reformation in Mecklenburg wurde die Klosterkirche ab 1535 als evangelisches Gotteshaus genutzt. Die Stadt Neubrandenburg erhielt 1567 das Kirchenpatronat.Bei einem Stadtbrand im Jahr 1614 entstanden am Ostteil schwere Schäden. Weil kein Geld für den Wiederaufbau zur Verfügung stand, wurde der Ostteil durch eine Mauer abgetrennt und ab 1803 als städtischer Kornspeicher genutzt. Seit dem 18. Jahrhundert bemühte sich der Magistrat, die Johanniskirche als Ratskirche zu etablieren und aufzuwerten. Die Handwerkämter (Zünfte) wurden aufgefordert, ihre repräsentativen Zunftleuchter aus St. Marien nach St. Johannis zu schaffen, was auch geschah.1863 wurde die Stadtmauer nördlich des Klosters durchbrochen, um die heutige Stargarder Straße in Richtung des Bahnhofs zu verlängern. Dafür musste ein Teil des Langchores abgerissen werden. Nach dem Einsturz der Zwischenwand zum Speicher am 30. Juli 1887 erfolgte von 1891 bis 1894 eine Restaurierung, bei der der östliche Teil nochmals verkürzt wurde. Ein massiver Dachreiter auf dem Ostgiebel des Kirchenschiffs wurde entfernt, dafür ein hölzerner Reiter in der Dachmitte errichtet.
Der heute rechteckige Chor besitzt große Buntglasfenster sowie Wand- und Deckenmalereien. Der barocke Choraltar aus der ersten Hälfte des 18. Jh. enthält mehrere Gemälde mit Darstellungen von Jesus Christus im Zeitraum zwischen dem letzten Abendmahl über die Kreuzigung bis hin zur Auferstehung. Aus dem 16. Jahrhundert stammt die mit biblischen Alabasterreliefs verzierte Kanzel aus Kalkstein. Ein Gemälde an der Südwand zeigt Martin Luther mit einem Schwan.Im Seitenschiff befindet sich ein Flügelaltar mit gotischem Schnitzwerk aus der Zeit um 1500, der aus der St. Georgskapelle stammt. Im Mittelteil befinden sich eine Darstellung der Kreuzigung und vier Heiligenbilder. In den Gemälden der Seitenflügel sind die vier Evangelisten abgebildet.Eine 1894 von Wilhelm Sauer gebaute Orgel wurde 1969 wieder entfernt. Seit 1990 besitzt die Kirche eine Schuke-Orgel mit 31 Registern, verteilt auf zwei Manuale und ein Pedal.
