Die Heilgen-Geist-Kirche ist in die Anlage das ehemaligen Heiligen-Geist Hospizes integriert. Sie ist eine spätgotische und einschiffige Kirche.
Die Älteste der vier spätgotischen Stadtkirchen ist die Heilgen-Geist-Kirche. Sie ist aber auch die kleinste aus dem Kreise von Wismars Kirchen in Backsteingotik. Ursprünglich gehörte sie zu dem Heiligen-Geist-Hospital. Dessen heutige Anlage ist, wenn auch in anderer Nutzung, eines der wenigen fast ursprünglich erhaltenen mittelalterlichen Hospitäler in Norddeutschland. Bereits 1250 wurde es als Armen und Krankenhaus gegründet, das aber auch Pilgern Unterkunft bot. Später wurde wurde die Genehmigung zu einer eigenen Gottesdienstestelle gegeben. 1323 wurde dann mit dem Umbau der heutigen Kirche begonnen, der bis 1326 dauerte. Das Ergebnis war eine einschiffige Kirche, die 1371 noch durch eine zweijochige Kapelle an der östlichen Nordwand ergänzt wurde. Die ursprünglich zum Kirchenraum offene Kapelle wird heute als Winterkirche genutzt.
Nach der Reformation kam der früher gotische Flügelalter aus der Georgenkirche nach Heiligen Geist. Er wurde nach 1650 im barocken Stil umgeändert. Das gegenwärtig dreiteilige Altarbild zeigt in der Mitte eine Kopie des Rembrandschen Gemäldes von der Kreuzabnahme Christi. Nachreformatorisch kam auch eine Kanzel im Renaissance-Stil dazu.
Heute fällt die Kirche besonders durch ihre flache Holzdecke auf, die den Innenraum überspannt. Diese ist jedoch nicht ursprünglich. Beim ihrem Bau erhielt die Kirche eine Spitztonnenwölbung aus Holz. Zu dieser gehören auch die bemalten hölzernen Zuganker. Doch 1699 wurde das Holzgewölbe durch die Explosion eines im nahegelegenen Pulverturmes zerstört und wurde durch die heutige Decke ersetzt. Diese ist mit einer prächtigen Deckenmalerei verziert. Sie stammt wohl aus den ersten Jahren des 18. Jahrhunderts und zeigt Szenen aus dem ersten Buch Mose. In den 70er Jahren wurden an der Nordwand wertvolle Wandmalereien freigelegt. Darunter auch Teile der Legende von drei Toten und den drei Lebenden, in der die drei Toten den Gekrönten zeigen, was aus ihnen einmal werden wird.
Ferner gibt es hinter de Kanzel auf der Südseite ein einzigartiges Buchstabenfresko, in dem in alle Richtungen die Worte Deo gratias (Gott sei Dank) in insgesamt 504 Varianten zu lesen sind.
Unter einem Fenster stehen vier eindrucksvolle Schnitzfiguren, die Maria mit dem Kind und die drei Könige darstellen. Ursprünglich gehörten sie zum Dreikönigsaltar der Georgenkiche und wurden etwa 1430 wahrscheinlich von einer Wismarer Werkstadt gefertigt. Nach der Beschädigung der Kirche durch Bombenangriffe im 2. Weltkrieg wurden sie nach Heiligen Geist gebracht.
Neben den Schnitzfiguren findet sich in einer Seitenkapelle an der Nordseite noch ein rund 600 Jahre Glasfenster, das ursprünglich aus der Marienkiche stammte. Auch sie wurde durch Bomben getroffen. Das Fenster zeigt Szenen aus dem Leben Jesu im Stile Meister Bertrams, wie sie an der Ostseeküste häufiger auftauchen.
